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化学絮凝法在制药废水处理中的另一大应用就是对废水中的有效成分进行提纯和回收。上世纪50年代以来制药废水的提纯主要集中在水提醇沉、调等电点加热两种工艺上， 但传统提纯方法对有效成分的损失率很大， 并且醇沉时间长、周期长， 乙醇回收困难等问题导致成本过高， 而调等电点加热工艺同样存在耗能高、收效低等缺陷， 亟需改进。在二步发酵制备维生素C 工艺中， 发酵液中含大量药品培养基和菌体蛋白， 采用调等电点加热除蛋白法不仅能耗大， 提取收率也低。

值得注意的是， 在对发酵液进行化学絮凝的同时应该与生物絮凝适当结合， 利用发酵液局部的高浓度形成酵母生物絮凝核心， 在提高絮凝效果的同时又可节约絮凝剂投加量。有研究表明， 在相同条件下被分离的细胞壁的絮凝与完整细胞的絮凝没有差别， 这说明酵母生物絮凝核心的形成与否取决于其细胞壁的性质， 是细胞之间的静电斥力与作用于相邻细胞间的特殊键合力相互竞争的结果， 同时与体系中二价离子种类和浓度密切相关。

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